Az iskola minőségbiztosításának alapelveit, fő formáit és módszereit a Kari Doktori Tanács által elfogadott minőségbiztosítási rendszer határozza meg.

A DI általánosan alkalmazott minőségbiztosítási elvei és módszerei az egyes programok sajátosságainak megfelelő eljárásokkal egészülnek ki (eltérő sajátosságokkal pl. az assziriológiánál, az egyiptológiánál, a régészetnél vagy a kronoligikus történettudományi programoknál.)

A minőségbiztosítás első lépése már a felvételi eljárásnál megvalósul. A DI-ben folyó képzésre csak az jelentkezhet, akinek jeles vagy jó minősítésű és szakirányú egyetemi diplomája van. (Ahol ez nem lehetséges, ott a program elvégzéséhez szükséges más diplomák is elismerhetők.) A jelentkezőnek legalább egy középfokú állami nyelvvizsgával és még egy másik elismert nyelvvizsgával kell rendelkeznie. (Az utóbbi években ez már az egyetemi diploma kiadásának is egyik kritériuma.) A felvételnél a minőség biztosítását szolgálja, ha az illetőnek már megfelelő színvonalú tudományos publikációi vannak, vagy olyan főállású munkakörben dolgozik, ahol a tudományos fokozat megszerzése elvárás, és annak feltételei biztosítva vannak.(Pl. más felsőoktatási intézmények oktatói, akadémiai intézetek kutatói, levéltárak, múzeumok munkatársai stb.) A jelentkezési űrlapon fel kell tüntetni, hogy az illető a DI melyik programjába kéri felvételét. A felvételi beszélgetésen a jelöltnek be kell mutatni szakdolgozatát, a választott doktori témájának rövid szinopszisát és kutatási tervét (az elérhető forrásbázisát). Meg kell jelölnie kért témavezetőjét. A felvételi bizottság ezeket mérlegeli, de a felvétel feltételeként más témát és más témavezetőt is javasolhat, aminek indoka lehet, hogy az illető program a specifikus témát nem kész fogadni, vagy annak már megtörtént a feldolgozása, végül nem látja reálisnak (források elégtelen vagy hozzáférhetetlen volta miatt) sikeres megvalósítását.

A felvétel elutasításának indoklását a bizottság jegyzőkönyvben rögzíti. Az ösztöndíjat kérők közötti rangsort elsősorban a megállapítható alkalmasság, eddigi tudományos eredmények szabják meg. Másodsorban vehetjük számításba azt, hogy – főként a frissen diplomázottak esetében – a jelentkezőnek nincs még munkahelye. Amennyiben szakmailag is indokolt, igyekszünk ösztöndíjjal segíteni a határon túli magyar jelentkezők tanulmányainak megkezdését. Szociális szempontokat csak kivételesen indokolt esetben tudunk figyelembe venni. A térítéses képzésre felveendők számát a doktori iskola, illetve az illető program kapacitása szabja meg azzal, hogy a nem egyértelműen alkalmas jelentkezőket ebben az esetben is elutasítjuk.

Az iskola egészében a tanegységként szereplő kurzusok (előadások, szemináriumok, speciális kollégiumok, gyakorlatok) esetében a minőségbiztosítás folyamatosan megvalósul az ottani szereplések, előadások, beszámolók, dolgozatok szemeszter végén történő értékelésével. Ezeken a foglalkozásokon lemérhető a hallgatók tényleges nyelvtudása, annak szakmai alkalmazási készsége is. (Ami lehet számszerű, summa cum laude-tól insufficienterig, kiválóan megfelelt, megfelelt, nem felelt meg és végül a kredittel történő elismerés (maximum 7 kredit). A rendszeresen meghirdetett módszertani kurzusok, a historiográfiai tanegységek és a konzultációs tanegységek a tutotális foglalkozásokhoz közelítenek, elismerésük az indexben megfelelt – nem felelt meg, az ETR-ben a szabályzatban meghatározott számú kredittel. Ezek során a 6 szemeszter alatt a témavezető és a többi oktató is nyomon tudja kísérni a doktorandusz előmenetelét, haladását a doktori témája kutatásában és megkezdett feldolgozásában.

A nem tanegység-jellegű munka – a tudományos publikációk, konferencia-előadások, tudományszervezés és az oktatás minőségének ellenőrzése a témavezető feladata, aki a végzett munkáért adható kreditszámot is javasolja a programvezetőnek.

A szervezett képzés befejezésekor a témavezetővel történő egyeztetés után a programvezető javasolja a doktori iskola vezetőjének az abszolutorium kiadásának kezdeményezését. Ehhez a rendszeresített űrlap kitöltésével dokumentálni kell a megszerzett kreditek mögött álló tanegységeket, publikációkat stb. Amennyiben ezek elérik a 180 kreditet, az iskolavezető javasolja a dékánnak az abszolutorium kiadását.

A szigorlatra történő felkészülésben a témavezető segíti a doktoranduszt. A doktorandusz számára összeállított kötelező irodalom jegyzékét el kell juttatnia a szigorlati bizottsághoz. A 3 tagú szigorlati bizottság elnöke professzor vagy legalább habilitált docens, tagjai az iskola tudományos fokozattal rendelkező főállású vagy meghívott oktatói. A programvezető tesz javaslatot egy, a disszertáció témájához tartozó szigorlati főkérdésre és két, általános tájékozottságot igénylő mellékkérdésre. A szigorlat minősítése summa cum laude-tól  – insufficienterig.

A PhD dolgozat tartalmi és formai követelményeit a kari doktori szabályzat és a DI működési szabályzata részletesen rögzíti, ezért itt nem ismételjük meg. A disszertáció benyújtása előtt a programok igény szerint munkahelyi vitára bocsátják a kéziratot, és a vita eredményeként állást foglalnak annak benyújthatósága mellett, vagy további javításokat, átdolgozást, végső esetben a benyújtástól való eltekintést javasolhatják. Ezzel részben elejét vehetik annak, hogy a nyilvános védésen kerüljön sor a disszertáció elutasítására. A disszertáció beadásáig a jelöltnek legalább három, a disszertáció témájából való tudományos publikációval kell rendelkeznie.

A szigorlati és a védési bizottságot az iskola vezetőjének javaslatára a Kari Doktori Tanács hagyja jóvá. A védési bizottság összetételét és a védés lefolytatását a kari szabályzat határozza meg. A védési bizottság 7 tagú, elnöke kizárólag főállású egyetemi tanár (tözstag) lehet. Az egyik opponens belső, a másik külső, az ELTE-vel semmiféle jogviszonyban nem álló tudományos fokozattal bíró szakember. A bizottság titkára és tagja, valamint két póttagja közül még legalább 2-nek külső kollégának kell lenni. (A bizottság összes tagjának tehát 1/3-ada.) A disszertációról írt véleményt az opponenseknek „vitára bocsátását javaslom” vagy „vitára bocsátását nem javaslom” megállapítással kell a bizottság elé terjeszteni. A zárt ülésen a témavezető nyilatkozik disszertánsa munkájáról és a beadott dolgozatról. A fokozat odaítéléséről az opponenesek és a póttagok is szavaznak. A védés minősítése és a PhD fokozat megadására tett javaslata summa cum laude-tól – insufficienterig terjedhet. A tudományos fokozat megadására a Kari Doktori Tanács tesz javaslatot az Egyetemi Doktori Tanácsnak.